Syftet med Kosterhavets nationalpark är att långsiktigt bevara det mycket speciella och artrika havs- och skärgårdsområde med tillhörande landområden i väsentligen oförändrat skick. Skyddet omfattar ekosystem, arter och livsmiljöer både på land och i havet, samt kulturpräglade miljöer.
Samtidigt ska olika aktiviteter kunna bedrivas och områdets biologiska resurser kunna användas på ett hållbart sätt under förutsättning att naturvärden och upplevelsevärden inte skadas. Det är aktiviteter så som:
- småskaligt yrkesfiske
- fritids- och sportfiske
- jakt
- visst vattenbruk (av arter som alger, musslor och ostron)
- sjöfart
- småbåtsliv och rekreation
Nationalparken ska också ge möjlighet till naturupplevelser och ökad kunskap samt främja forskning om hur marina och landbaserade ekosystem kan bevaras och användas hållbart. Förvaltningen ska vara kunskapsbaserad och säkerställa att skydd och nyttjande kan förenas över tid.