Syftet med Kosterhavets nationalpark är att bevara det mycket speciella och artrika havs- och skärgårdsområdet och de landområden som ligger i närheten i väsentligen oförändrat skick. De miljöer och arter som finns här ska bevaras, och samtidigt ska de biologiska resurserna i området kunna användas på ett hänsynsfullt sätt.
Nationalparken ska också göra det enklare för besökare att uppleva och få kunskap om områdets natur- och kulturvärden.
Ytterligare ett syfte med nationalparken är att underlätta forskning och utbildning om hur man bäst bevarar och på ett hållbart sätt använder marina och landbaserade ekosystem.